R
RStudio
!!!R Markdown
{{outline}}
----
*メニューのファイルの下、左端の+マークから、R Markdownを選ぶ
*メニューのFileからNew File で選ぶ
**Text File を選んでおいて、ファイル保存時に、拡張子 .rmd を付けて保存する。
!MarkdownのHelp
*メニューのHelpから Markdown Quick Reference を選ぶ
!見出し
{{pre
# Header 1
## Header 2
### Header 3
}}
!書体
{{pre
*italic* **bold**
_italic_ __bold__
^上付き文字^
~下付き文字~
~~打消し~~
下線
}}
!箇条書き
{{pre
* 項目
* 項目
1. 番号付き
2. 番号付き
3. 番号付き
}}
*階層は、<<前に四つスペース>>
{{pre
* 項目
* 下位項目
* 下位項目
}}
!横線
---
!そのまま
```
そのままの文
そのままの文
```
!数式
{{pre
$$
y = a * x^b
freq = 7592 * rank^{-0.6}
$$
}}
!引用
> 引用文
> 引用文
!!chunkコード
!文書全体にわたるオプションのデフォルトの設定は、最初に
knitr::opts_chunk$set()
で、設定しておく。
*RMarkdownのファイルを作るとデフォルトで
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
となっている。
!Rのコード
{{pre
```{r}
ここに書く
ここに書く
ここに書く
```
}}
!コードのオプション
*```{r sample} のように名前を付けておくこともできる
*```{r, include=FALSE} コードは実行されるが、コードも結果も表示されない
*```{r, echo=FALSE} コードを表示せず、実行結果だけ出力
*```{r, eval=F} コードは表示されるが実行されない
!プロットの結果出力のオプション
*fig.height = 7
*fig.width = 7
*fig.align = "left"
*fig.cap = "キャプション"
*dpi = 72
!インラインコード
**文中に `r コードを描く` としておけば、コードの実行結果がそこに出力される。
!画像の挿入
*Rmdソースコードと同じフォルダーに入れておくのが簡単
![表示される文字](画像ファイル名)
![NICER1.3](NICER1_3info.png)
!コメント
{{pre
}}
!!書き終わったら、上の Knit をクリックすると、レポートが作成される。
*HTMLでの書き出しでのオプション
**toc: true で目次作成
**toc_float: true で左に目次表示
**number_sections: true で見出しに通し番号付与
{{pre
output:
html_document:
toc: true
toc_float: true
number_sections: true
}}
*html_document<<:>> のところ、コロン忘れずに
!グラフのサイズの調整:fig.width=インチ, fig.height=インチ
```{r, fig.width=15, fig.height=10}
!knitディレクトリーに注意
*RMarkdownで記述しながら、Chunkを実行していく際に、スクリプトやコンソールで設定している作業ディレクトリーとは別に、Knit Directory で設定するディレクトリーが別にあるので注意。
**Document Directory
**Project Directory
**<>
*スクリプト内で setwd()で作業ディレクトリーを変更しても、チャンク内の一連の処理が終わったら、また、元のディレクトリーに戻ってしまう。
*Knit Directoryが変更されない限り、ドキュメント内での作業ディレクトリーは、チャンク内のsetwd()でセットしたディレクトリーではなくKnit Directoryで設定されているディレクトリーのままになっている。Knitのメニューから手動で変更する必要がある。
!!References
*https://mom-neuroscience.com/r-rmarkdown/
*https://blog.atusy.net/2021/01/21/rmd-bs4/
**スタイルの変更
*宋財泫 (Jaehyun Song)・矢内勇生 (Yuki Yanai)「私たちのR: ベストプラクティスの探究」https://www.jaysong.net/RBook/