R
!!!fitdistrplus
分布のあてはまりの確認
{{outline}}
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!!準備
 install.packages("fitdistrplus")
 library(fitdistrplus)

!!扱える分布
"norm", "lnorm", "pois", "exp", "gamma", "nbinom", "geom", "beta", "unif" and "logis"

!!descdist()
!分布の描写
 Cullen AC and Frey HC (1999), Probabilistic techniques in exposure assessment. Plenum Press, USA, pp. 81-155.
* これで、どんな分布か、あたりをつける
 descdist(SbyS.dat.wide$MDD)
{{ref_image descdist.png}}
* ●が観察データ
* 粗い破線がgamma（ガンマ分布）
* 細かい破線がlognormal（対数正規分布）
* これだけ見ると、細かい破線lognormalに近い
! boot オプション
* ブートストラップしたサンプルも追加でプロット
 descdist(SbyS.dat.wide$MDD, boot=500)
{{ref_image descdistboot.png}}
* オレンジの分布が、粗い破線と細かい破線の両方にまたがっている
* ガンマ分布と対数正規分布の両方の可能性がある
!!fitdist()
* 分布を当てはめてみる
 fitdist(SbyS.dat.wide$MDD, "gamma")

* 結果をプロットする
{{pre
MDD.gamma.fit <- fitdist(SbyS.dat.wide$MDD, "gamma")
plot(MDD.gamma.fit)
}}
{{ref_image fitdist.png}}

{{pre
plot(fitdist(SbyS.dat.wide$MDD, "lnorm"))
}}
{{ref_image fitdistlnorm.png}}



!denscomp()
*観察値をヒストグラムで
*理論値を曲線で

*ヒストグラムの棒の数の設定
** 単に breaks=20 とするとエラーになる
 denscomp(list(flnSL), legendtext="lognormal", breaks=20)
 警告: "breaks" はグラフィックスパラメータではありません
** 事前に、プロットのスタイルをggplotと指定しておく( plotstyle="ggplot")
 denscomp(list(flnSL), legendtext="lognormal", plotstyle="ggplot", breaks=20)
!!Reference
https://www.jstatsoft.org/article/view/v064i04