R
RStudio
!!!R Markdown
{{outline}}
----
*メニューのファイルの下、左端の＋マークから、R Markdownを選ぶ
*メニューのFileからNew File で選ぶ
**Text File を選んでおいて、ファイル保存時に、拡張子 .rmd を付けて保存する。

!MarkdownのHelp
*メニューのHelpから Markdown Quick Reference を選ぶ

!見出し
{{pre
# Header 1

## Header 2

### Header 3
}}



!書体
{{pre
*italic*   **bold**

_italic_   __bold__

^上付き文字^

~下付き文字~

~~打消し~~

<U>下線</U>

}}

!箇条書き
{{pre
* 項目
* 項目

1. 番号付き
2. 番号付き
3. 番号付き
}}
*階層は、<<前に四つスペース>>
{{pre
* 項目
    * 下位項目
    * 下位項目

}}
!横線
 ---
!そのまま
 ```
 そのままの文
 そのままの文
 ```
!数式
{{pre
$$

y = a * x^b

freq = 7592 * rank^{-0.6}

$$
}}




!引用
 > 引用文
 > 引用文

!Rのコード
{{pre
```{r}
ここに書く
ここに書く
ここに書く
```
}}
!コードのオプション
*```{r sample} のように名前を付けておくこともできる

*```{r, include=FALSE} コードは実行されるが、コードも結果も表示されない

*```{r, echo=FALSE} コードを表示せず、実行結果だけ出力

*```{r, eval=F}　コードは表示されるが実行されない

!プロットの結果出力のオプション

*fig.height = 7

*fig.width = 7

*fig.align = "left"

*fig.cap = "キャプション"

*dpi = 72
!インラインコード
**文中に `r コードを描く` としておけば、コードの実行結果がそこに出力される。

!画像の挿入
*Rmdソースコードと同じフォルダーに入れておくのが簡単
 ![表示される文字](画像ファイル名)
 ![NICER1.3](NICER1_3info.png)

!コメント
{{pre
<!--
コメント部分
-->
}}
!!書き終わったら、上の Knit をクリックすると、レポートが作成される。
*HTMLでの書き出しでのオプション
**toc: true で目次作成
**toc_float: true で左に目次表示
**number_sections: true で見出しに通し番号付与
{{pre
output:
  html_document:
    toc: true
    toc_float: true
    number_sections: true
}}
*html_document<<:>> のところ、コロン忘れずに
!グラフのサイズの調整：fig.width=インチ, fig.height=インチ
 ```{r, fig.width=15, fig.height=10}

!knitディレクトリーに注意
*RMarkdownで記述しながら、Chunkを実行していく際に、スクリプトやコンソールで設定している作業ディレクトリーとは別に、Knit Directory で設定するディレクトリーが別にあるので注意。
**Document Directory
**Project Directory
**<<Current Working Directory>>
*スクリプト内で setwd()で作業ディレクトリーを変更しても、チャンク内の一連の処理が終わったら、また、元のディレクトリーに戻ってしまう。
*Knit Directoryが変更されない限り、ドキュメント内での作業ディレクトリーは、チャンク内のsetwd()でセットしたディレクトリーではなくKnit Directoryで設定されているディレクトリーのままになっている。Knitのメニューから手動で変更する必要がある。


!!References
*https://mom-neuroscience.com/r-rmarkdown/
*https://blog.atusy.net/2021/01/21/rmd-bs4/
**スタイルの変更
*宋財&#27883; (Jaehyun Song)・矢内勇生 (Yuki Yanai)「私たちのR: ベストプラクティスの探究」https://www.jaysong.net/RBook/