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fitdistrplus

*disclaimer
614088

R

fitdistrplus

分布のあてはまりの確認


 準備

install.packages("fitdistrplus")
library(fitdistrplus)

 扱える分布

"norm", "lnorm", "pois", "exp", "gamma", "nbinom", "geom", "beta", "unif" and "logis"

 descdist()

分布の描写

Cullen AC and Frey HC (1999), Probabilistic techniques in exposure assessment. Plenum Press, USA, pp. 81-155.
  • これで、どんな分布か、あたりをつける
descdist(SbyS.dat.wide$MDD)
  • ●が観察データ
  • 粗い破線がgamma(ガンマ分布)
  • 細かい破線がlognormal(対数正規分布)
  • これだけ見ると、細かい破線lognormalに近い

boot オプション

  • ブートストラップしたサンプルも追加でプロット
descdist(SbyS.dat.wide$MDD, boot=500)
  • オレンジの分布が、粗い破線と細かい破線の両方にまたがっている
  • ガンマ分布と対数正規分布の両方の可能性がある

 fitdist()

  • 分布を当てはめてみる
fitdist(SbyS.dat.wide$MDD, "gamma")

  • 結果をプロットする
MDD.gamma.fit <- fitdist(SbyS.dat.wide$MDD, "gamma")
plot(MDD.gamma.fit)

plot(fitdist(SbyS.dat.wide$MDD, "lnorm"))



denscomp()

  • 観察値をヒストグラムで
  • 理論値を曲線で

  • ヒストグラムの棒の数の設定
    • 単に breaks=20 とするとエラーになる
denscomp(list(flnSL), legendtext="lognormal", breaks=20)
警告: "breaks" はグラフィックスパラメータではありません
    • 事前に、プロットのスタイルをggplotと指定しておく( plotstyle="ggplot")
denscomp(list(flnSL), legendtext="lognormal", plotstyle="ggplot", breaks=20)

 Reference

https://www.jstatsoft.org/article/view/v064i04