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kruskal.test

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26825

R

kruskal.test

対応のない、3群以上の ノンパラメトリック検定

> head(DD_all)
  Group      MDD
1     1 1.000000
2     1 1.666667
3     1 2.200000
4     1 2.000000
5     1 1.666667
6     1 1.333333
> attach(DD_all)
> kruskal.test(MDD~Group)

        Kruskal-Wallis rank sum test

data:  MDD by Group
Kruskal-Wallis chi-squared = 14.449, df = 3, p-value = 0.002354
  • 中央値が等しいという帰無仮説は棄却(=>差がある)
  • どこにあるかは、多重比較:ボンフェローニの調整をした上でWilcox.testで二つずつ組み合わせて(pairwise)

> pairwise.wilcox.test(MDD, Group, p.adj="bonferroni", exact=F)

        Pairwise comparisons using Wilcoxon rank sum test 

data:  MDD and Group 

  1      2      3     
2 0.8584 -      -     
3 0.4452 0.0041 -     
4 1.0000 1.0000 0.0049

P value adjustment method: bonferroni 
  • 2と3の間と3と4の間に差がある
1:Low
2:Mid
3:High
4:Native
  • MidとHighは差があり、HighとNativeの間にも差があるが、MidとNativeの間には差がない?