*disclaimer
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kruskal.test
対応のない、3群以上の ノンパラメトリック検定
> head(DD_all) Group MDD 1 1 1.000000 2 1 1.666667 3 1 2.200000 4 1 2.000000 5 1 1.666667 6 1 1.333333 > attach(DD_all) > kruskal.test(MDD~Group) Kruskal-Wallis rank sum test data: MDD by Group Kruskal-Wallis chi-squared = 14.449, df = 3, p-value = 0.002354
- 中央値が等しいという帰無仮説は棄却(=>差がある)
- どこにあるかは、多重比較:ボンフェローニの調整をした上でWilcox.testで二つずつ組み合わせて(pairwise)
> pairwise.wilcox.test(MDD, Group, p.adj="bonferroni", exact=F)
Pairwise comparisons using Wilcoxon rank sum test data: MDD and Group 1 2 3 2 0.8584 - - 3 0.4452 0.0041 - 4 1.0000 1.0000 0.0049 P value adjustment method: bonferroni
- 2と3の間と3と4の間に差がある
1:Low 2:Mid 3:High 4:Native
- MidとHighは差があり、HighとNativeの間にも差があるが、MidとNativeの間には差がない?
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