*disclaimer
1157417
R Markdown
- R Markdown
基本
- メニューのファイルの下、左端の＋マークから、R Markdownを選ぶ
- メニューのFileからNew File で選ぶ
- Text File を選んでおいて、ファイル保存時に、拡張子 .rmd を付けて保存する。
MarkdownのHelp
- メニューのHelpから Markdown Quick Reference を選ぶ
見出し
# Header 1 ## Header 2 ### Header 3 #### Header 4
改行は、空行を一行入れる。
- 強制改行は、行末にスペース二つ
- 見た目二行でも、空行が入ってないと、結果、つながって表記される。
書体
*italic* **bold** _italic_ __bold__ ^上付き文字^ ~下付き文字~ ~~打消し~~ <U>下線</U>
文字の色
- HTMLで指定する
<font color = "red">このデータを使用</font>
特殊文字
- RMarkdownの中で使われる特殊文字のエスケープはバックスラッシュ一つ
\* \#
箇条書き
- 行頭に * か数字.
- 数字は何が書いてあっても、自動的に1からふってくれる
- 全部 1. にしておいた方が無難（見た目と結果がずれてしまう）
* 項目 * 項目 1. 番号付き 2. 番号付き 3. 番号付き
- 階層は、前に四つスペース
* 項目
* 下位項目
* 下位項目
横線（トラブルのもとなので使わないほうが良い）
---
そのまま
``` そのままの文 そのままの文 ```
数式
$$
y = a * x^b
freq = 7592 * rank^{-0.6}
$$
引用
> 引用文 > 引用文
表
- 縦棒で区切る
- 一番上が見出し
- 二行目が配置の設定（コロンの位置）
- コロンが左 左寄せ
- コロンが右 右寄せ
- コロンが左右 中央（|:---:|）
|指標|説明| |:----|:---| | i| ファイル名| | Score| Criterionスコア| | Tokens| 総語数| | Types| 異なり語数| | NoS| 文数| | TTR| 語彙多様性| | GI| 語彙多様性| | MATTR| 語彙多様性| | AWL| 平均単語長（文字数）| | ASL| 平均文長（単語数）|
ヘッダー部分の設定
- https://qiita.com/kazutan/items/726e03dfcef1615ae999
- https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html
タイトル
title: subtitle: abstract:
テーマ
theme:
- theme一覧
TOC 目次オプション toc: true
- toc_depth: 数字 で深さ設定
- toc_float: true で固定ではなくて浮くように
- number_sections: true で番号付きに
日付と時間
date:
- 自動で入れる
date: "`r Sys.time()`"
- ただし、これでは、明示的に、いつかいた文書かがわからなくなる。
- Knitした時点での日付と時間になる
使用例
title: "タイトルを書く"
subtitle: "副題"
abstract: "概要を簡単にまとめて書いておく"
author: "sugiura"
date: "2023-02-09"
output:
html_document:
toc: true
toc_float: true
theme: cerulean
number_sections: true
---
chunkコード
文書全体にわたるオプションのデフォルトの設定は、最初に
knitr::opts_chunk$set()
で、設定しておく。
- RMarkdownのファイルを作るとデフォルトで
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
となっている。
- なので、最初に表示されるサンプルの最初の部分を修正して使えばよい。
- echo=TRUEは、デフォルトで、そうなので、逆に言えば、削除しても事実上問題ない。
- 便利な例：グラフの幅を統一して設定したい場合、
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.width=10, fig.height=7)
- デフォルトでは、widthは7、heightは5
Rのコード
```{r}
ここに書く
ここに書く
ここに書く
```
コードのオプション
- ```{r sample} のように名前を付けておくこともできる
- ```{r, include=FALSE} コードは実行されるが、コードも結果も表示されない
- ```{r, echo=FALSE} コードを表示せず、実行結果だけ出力
- ```{r, eval=F} コードは表示されるが実行されない
- ```{r, results='hide'} コードは実行されるがKnitのレポートには表示されない
警告を出さない
warning=F
メッセージを出さない
message=F
プロットの結果出力のオプション
- fig.height = 7
- fig.width = 7
- fig.align = "left"
- fig.cap = "キャプション"
- dpi = 72
インラインコード
- 文中に `r コードを描く` としておけば、コードの実行結果がそこに出力される。
その他
画像の挿入
- Rmdソースコードと同じフォルダーに入れておくのが簡単
 
- 画像のサイズの調整 {width=80%}
コメント
<!-- コメント部分 -->
- 命令を書く部分（code chunk）では、該当行を選んでおいて、Ctrl+Shift+C
データフレームの見やすい表示 kable()
- コードチャンク内で、データフレームを指定する
kable(データフレーム)
- もしくは、ヘッダー部分で以下のように記述すれば全体がそうなる
output:
html_document:
df_print: "kable"
- "paged" という形式もある
書き終わったら、上の Knit をクリックすると、レポートが作成される。
- HTMLでの書き出しでのオプション
- toc: true で目次作成
- toc_float: true で左に目次表示
- number_sections: true で見出しに通し番号付与
output:
html_document:
toc: true
toc_float: true
number_sections: true
author: "sugiura"
date: "2022/11/11"
output:
html_document:
toc: yes
number_section: yes
word_document:
toc: yes
pdf_document:
toc: yes
- html_document: のところ、コロン忘れずに
グラフのサイズの調整：fig.width=インチ, fig.height=インチ
```{r, fig.width=15, fig.height=10}
- これで縦横比を調整すればよい
```{r, fig.width = 10, fig.height = 4}
knitディレクトリーに注意
- RMarkdownで記述しながら、Chunkを実行していく際に、スクリプトやコンソールで設定している作業ディレクトリーとは別に、Knit Directory で設定するディレクトリーが別にあるので注意。
- Document Directory
- Project Directory
- Current Working Directory
- スクリプト内で setwd()で作業ディレクトリーを変更しても、チャンク内の一連の処理が終わったら、また、元のディレクトリーに戻ってしまう。
- Knit Directoryが変更されない限り、ドキュメント内での作業ディレクトリーは、チャンク内のsetwd()でセットしたディレクトリーではなくKnit Directoryで設定されているディレクトリーのままになっている。Knitのメニューから手動で変更する必要がある。
BibTeX 文献の引用と文献リストの作成
- なんと、LaTeXのように使える。
準備
@article{lijffijt2012correction,
title={Correction to Stefan Th. Gries’“Dispersions and adjusted frequencies in corpora”, International Journal of Corpus Linguistics},
author={Lijffijt, Jefrey and Gries, Stefan Th},
journal={International Journal of Corpus Linguistics},
volume={17},
number={1},
pages={147--149},
year={2012},
publisher={John Benjamins}
}
@article{gries2008dispersions,
title={Dispersions and adjusted frequencies in corpora},
author={Gries, Stefan Th},
journal={International journal of corpus linguistics},
volume={13},
number={4},
pages={403--437},
year={2008},
publisher={John Benjamins}
}
@incollection{gries2010dispersions,
title={Dispersions and adjusted frequencies in corpora: further explorations},
author={Gries, Stefan Th},
booktitle={Corpus-linguistic applications},
pages={197--212},
year={2010},
publisher={Brill}
}
- Rmarkdownのヘッダー部分で、bibliography: LCR.bib のように、使用するファイルを指定する。
output:
html_document:
toc: yes
number_section: yes
word_document:
toc: yes
pdf_document:
toc: yes
bibliography: LCR.bib
執筆
- RMarkdown文書中で、引用個所をLaTeXのように、記述する。
- @の後ろに各文献の引用コードを書く。
@lijffijt2012correction は、@gries2008dispersions の訂正記事です。 @gries2010dispersions にもまとめが書いてあります。
出力
- ただ普通に、Knitするだけ。
- 本文中に著者名と年号が挿入され、
- 文書の最後に、参考文献一覧が整形されて付け足される。
- 文書の最後に「 # References」と書いておけば、その下に、文献一覧が並ぶ。
論文の原稿を作る際のコツ
- セクションの見出しは #
- サブセクションは、##
- コードチャンクに、それが何をするものか説明を書いておく
```{r エクセルファイルからデータ読み込み}
```{r, dev="png"}
- 二種類ほしかったら
```{r, dev=c("png", "jpg")}
https://www.njtierney.com/post/2018/02/28/three-r-tips/
- 最初から、全部
knitr::set_opts(dev = "jpg")
Writing Reproducible Research Papers with R Markdown すばらしい
https://resulumit.com/teaching/rmd_workshop.html
スライド作成
R Markdownでスライドを作成（ioslides）
https://qiita.com/masato-terai/items/664c5ee782f690260eca
by @masato-terai(テライ マサト)
テンプレート
よく使うパタン（以下をRmdファイルにコピペ）
---
title: "ReadingSpeed"
author: "sugiura"
date: "2025-07-29"
output:
html_document:
toc: yes
number_section: yes
word_document:
toc: yes
---
# 準備
## 使用するライブラリ
```{r, warning=F, message=F}
library(tidyverse)
library(lme4)
library(lmerTest)
library(effects)
library(ggplot2)
library(jtools) # APAフォーマットのテーマ theme_apa()
library(openxlsx)
```
## Dataの所在
* PC内でエクセルでまとめたファイルがどこにあるか、パスをコピーして記録しておく
* 例
* "C:\Users\sugiura\ed\2025\ReadingSpeed\ReadingSpeed.xlsx"
# データ読み込み
```{r}
sample.dat <- read.xlsx("ReadingSpeed.xlsx", sheet="data")
str(sample.dat)
```
## 型の設定
```{r}
sample.dat$ID <- as.factor(sample.dat$ID)
sample.dat$Item <- as.factor(sample.dat$Item)
sample.dat$Time <- factor(sample.dat$Time, levels=c("Pre", "Post"))
str(sample.dat)
```
# 分布の確認
```{r}
g <- ggplot(sample.dat)
g <- g + aes(x=Time, y=Score, fill=Item)
#g <- g + geom_point()
g <- g + geom_boxplot()
#g <- g + geom_smooth()
#g <- g + geom_line()
#g <- g + geom_density(alpha=.7)
g <- g + facet_wrap(~Item, scales="free")
plot(g)
```
# 分析 GLMM
```{r}
#sample.model <- glmer(Score ~ Time * Item + (1|ID), family=gaussian, data=sample.dat)
sample.model <- glm(Score ~ Time * Item , family=gaussian, data=sample.dat)
summary(sample.model)
```
```{r}
plot(allEffects(sample.model), multiline=T, confint = list(style = "auto"))
```
References
https://epirhandbook.com/jp/rmarkdown.html
- https://mom-neuroscience.com/r-rmarkdown/
- https://blog.atusy.net/2021/01/21/rmd-bs4/
- スタイルの変更
- 宋財泫 (Jaehyun Song)・矢内勇生 (Yuki Yanai)「私たちのR: ベストプラクティスの探究」https://www.jaysong.net/RBook/
- R Markdown: The Definitive Guide
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
https://kazutan.github.io/kazutanR/Rmd_intro.html#r_markdown%E3%81%AE%E6%9B%B8%E3%81%8D%E6%96%B9
https://www.docswell.com/s/3818391906/521P6K-2022-04-16-132212#p1
https://youtu.be/dbljY7jxrSA
https://sugiura-ken.org/wiki/