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  • 箇条書き
  • 横線
  • そのまま
  • 数式
  • 引用
  • Rのコード
  • コードのオプション
  • インラインコード
  • 画像の挿入
  • 書き終わったら、上の Knit をクリックすると、レポートが作成される。
    • グラフのサイズの調整：fig.width=インチ, fig.height=インチ
    • knitディレクトリーに注意
  • References

• メニューのファイルの下、左端の＋マークから、R Markdownを選ぶ
• メニューのFileからNew File で選ぶ
  • Text File を選んでおいて、ファイル保存時に、拡張子 .rmd を付けて保存する。

MarkdownのHelp

• メニューのHelpから Markdown Quick Reference を選ぶ

見出し

# Header 1

## Header 2

### Header 3

書体

*italic*   **bold**

_italic_   __bold__

^上付き文字^

~下付き文字~

~~打消し~~

箇条書き

* 項目
* 項目

1. 番号付き
2. 番号付き
3. 番号付き

• 階層は、前に四つスペース

* 項目
    * 下位項目
    * 下位項目

横線

---

そのまま

```
そのままの文
そのままの文
```

数式

$$

y = a * x^b

freq = 7592 * rank^{-0.6}

$$

引用

> 引用文
> 引用文

Rのコード

```{r}
ここに書く
ここに書く
ここに書く
```

コードのオプション

• ```{r sample} のように名前を付けておくこともできる
• ```{r, include=FALSE} レポートには組み込まない
• ```{r, echo=FALSE} 結果を表示させない
• ```{r, eval=F}　コードを自動実行しない

インラインコード

• 文中に `r コードを描く` としておけば、コードの実行結果がそこに出力される。

画像の挿入

• Rmdソースコードと同じフォルダーに入れておくのが簡単

![表示される文字](画像ファイル名)
![NICER1.3](NICER1_3info.png)

 書き終わったら、上の Knit をクリックすると、レポートが作成される。

• HTMLでの書き出しでのオプション
  • toc: true で目次作成
  • number_section: true で見出しに通し番号付与

output:
  html_document:
    toc: true
    number_section: true

グラフのサイズの調整：fig.width=インチ, fig.height=インチ

```{r, fig.width=15, fig.height=10}

knitディレクトリーに注意

• RMarkdownで記述しながら、Chunkを実行していく際に、スクリプトやコンソールで設定している作業ディレクトリーとは別に、Knit Directory で設定するディレクトリーが別にあるので注意。
  • Document Directory
  • Project Directory
  • Current Working Directory
• スクリプト内で setwd()で作業ディレクトリーを変更しても、チャンク内の一連の処理が終わったら、また、元のディレクトリーに戻ってしまう。
• Knit Directoryが変更されない限り、ドキュメント内での作業ディレクトリーは、チャンク内のsetwd()でセットしたディレクトリーではなくKnit Directoryで設定されているディレクトリーのままになっている。Knitのメニューから手動で変更する必要がある。

 References

• https://mom-neuroscience.com/r-rmarkdown/