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RMarkdown

*disclaimer
306202

R
RStudio

R Markdown


  • メニューのファイルの下、左端の+マークから、R Markdownを選ぶ
  • メニューのFileからNew File で選ぶ
    • Text File を選んでおいて、ファイル保存時に、拡張子 .rmd を付けて保存する。

MarkdownのHelp

  • メニューのHelpから Markdown Quick Reference を選ぶ

見出し

# Header 1

## Header 2

### Header 3



書体

*italic*   **bold**

_italic_   __bold__

^上付き文字^

~下付き文字~

~~打消し~~

<U>下線</U>

箇条書き

* 項目
* 項目

1. 番号付き
2. 番号付き
3. 番号付き
  • 階層は、前に四つスペース
* 項目
    * 下位項目
    * 下位項目

横線

---

そのまま

```
そのままの文
そのままの文
```

数式

$$

y = a * x^b

freq = 7592 * rank^{-0.6}

$$




引用

> 引用文
> 引用文

  • 縦棒で区切る
  • 一番上が見出し
  • 二行目が配置の設定(コロンの位置)
    • コロンが左 左寄せ
    • コロンが右 右寄せ
    • コロンが左右 中央(|:---:|)
|指標|説明|
|:----|:---|
| i| ファイル名|
| Score| Criterionスコア|
| Tokens| 総語数|
| Types| 異なり語数|
| NoS| 文数|
| TTR| 語彙多様性|
| GI| 語彙多様性|
| MATTR| 語彙多様性|
| AWL| 平均単語長(文字数)|
| ASL| 平均文長(単語数)|

 chunkコード


文書全体にわたるオプションのデフォルトの設定は、最初に

knitr::opts_chunk$set()

で、設定しておく。

  • RMarkdownのファイルを作るとデフォルトで
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

となっている。

Rのコード

```{r}
ここに書く
ここに書く
ここに書く
```

コードのオプション

  • ```{r sample} のように名前を付けておくこともできる

  • ```{r, include=FALSE} コードは実行されるが、コードも結果も表示されない

  • ```{r, echo=FALSE} コードを表示せず、実行結果だけ出力

  • ```{r, eval=F} コードは表示されるが実行されない

  • ```{r, results='hide'} コードは実行されるがKnitのレポートには表示されない

警告を出さない

warning=F

メッセージを出さない

message=F

プロットの結果出力のオプション


  • fig.height = 7

  • fig.width = 7

  • fig.align = "left"

  • fig.cap = "キャプション"

  • dpi = 72

インラインコード

    • 文中に `r コードを描く` としておけば、コードの実行結果がそこに出力される。

 その他

画像の挿入

  • Rmdソースコードと同じフォルダーに入れておくのが簡単
![表示される文字](画像ファイル名)
![NICER1.3](NICER1_3info.png)

コメント

<!--
コメント部分
-->


  • 命令を書く部分(code chunk)では、該当行を選んでおいて、Ctrl+Shift+C

 書き終わったら、上の Knit をクリックすると、レポートが作成される。

  • HTMLでの書き出しでのオプション
    • toc: true で目次作成
    • toc_float: true で左に目次表示
    • number_sections: true で見出しに通し番号付与
output:
  html_document:
    toc: true
    toc_float: true
    number_sections: true

author: "sugiura"
date: "2022/11/11"
output:
  html_document:
    toc: yes
    number_section: yes
  word_document:
    toc: yes
  pdf_document:
    toc: yes

  • html_document: のところ、コロン忘れずに

グラフのサイズの調整:fig.width=インチ, fig.height=インチ

```{r, fig.width=15, fig.height=10}

knitディレクトリーに注意

  • RMarkdownで記述しながら、Chunkを実行していく際に、スクリプトやコンソールで設定している作業ディレクトリーとは別に、Knit Directory で設定するディレクトリーが別にあるので注意。
    • Document Directory
    • Project Directory
    • Current Working Directory
  • スクリプト内で setwd()で作業ディレクトリーを変更しても、チャンク内の一連の処理が終わったら、また、元のディレクトリーに戻ってしまう。
  • Knit Directoryが変更されない限り、ドキュメント内での作業ディレクトリーは、チャンク内のsetwd()でセットしたディレクトリーではなくKnit Directoryで設定されているディレクトリーのままになっている。Knitのメニューから手動で変更する必要がある。


 References

https://epirhandbook.com/jp/rmarkdown.html

https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/

https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
https://kazutan.github.io/kazutanR/Rmd_intro.html#r_markdown%E3%81%AE%E6%9B%B8%E3%81%8D%E6%96%B9
https://www.docswell.com/s/3818391906/521P6K-2022-04-16-132212#p1