*disclaimer
306202
R Markdown
- メニューのファイルの下、左端の＋マークから、R Markdownを選ぶ
- メニューのFileからNew File で選ぶ
- Text File を選んでおいて、ファイル保存時に、拡張子 .rmd を付けて保存する。
MarkdownのHelp
- メニューのHelpから Markdown Quick Reference を選ぶ
見出し
# Header 1 ## Header 2 ### Header 3
書体
*italic* **bold** _italic_ __bold__ ^上付き文字^ ~下付き文字~ ~~打消し~~ <U>下線</U>
箇条書き
* 項目 * 項目 1. 番号付き 2. 番号付き 3. 番号付き
- 階層は、前に四つスペース
* 項目
* 下位項目
* 下位項目
横線
---
そのまま
``` そのままの文 そのままの文 ```
数式
$$
y = a * x^b
freq = 7592 * rank^{-0.6}
$$
引用
> 引用文 > 引用文
表
- 縦棒で区切る
- 一番上が見出し
- 二行目が配置の設定（コロンの位置）
- コロンが左 左寄せ
- コロンが右 右寄せ
- コロンが左右 中央（|:---:|）
|指標|説明| |:----|:---| | i| ファイル名| | Score| Criterionスコア| | Tokens| 総語数| | Types| 異なり語数| | NoS| 文数| | TTR| 語彙多様性| | GI| 語彙多様性| | MATTR| 語彙多様性| | AWL| 平均単語長（文字数）| | ASL| 平均文長（単語数）|
chunkコード
文書全体にわたるオプションのデフォルトの設定は、最初に
knitr::opts_chunk$set()
で、設定しておく。
- RMarkdownのファイルを作るとデフォルトで
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
となっている。
Rのコード
```{r}
ここに書く
ここに書く
ここに書く
```
コードのオプション
- ```{r sample} のように名前を付けておくこともできる
- ```{r, include=FALSE} コードは実行されるが、コードも結果も表示されない
- ```{r, echo=FALSE} コードを表示せず、実行結果だけ出力
- ```{r, eval=F} コードは表示されるが実行されない
- ```{r, results='hide'} コードは実行されるがKnitのレポートには表示されない
警告を出さない
warning=F
メッセージを出さない
message=F
プロットの結果出力のオプション
- fig.height = 7
- fig.width = 7
- fig.align = "left"
- fig.cap = "キャプション"
- dpi = 72
インラインコード
- 文中に `r コードを描く` としておけば、コードの実行結果がそこに出力される。
その他
画像の挿入
- Rmdソースコードと同じフォルダーに入れておくのが簡単
 
コメント
<!-- コメント部分 -->
- 命令を書く部分（code chunk）では、該当行を選んでおいて、Ctrl+Shift+C
書き終わったら、上の Knit をクリックすると、レポートが作成される。
- HTMLでの書き出しでのオプション
- toc: true で目次作成
- toc_float: true で左に目次表示
- number_sections: true で見出しに通し番号付与
output:
html_document:
toc: true
toc_float: true
number_sections: true
author: "sugiura"
date: "2022/11/11"
output:
html_document:
toc: yes
number_section: yes
word_document:
toc: yes
pdf_document:
toc: yes
- html_document: のところ、コロン忘れずに
グラフのサイズの調整：fig.width=インチ, fig.height=インチ
```{r, fig.width=15, fig.height=10}
knitディレクトリーに注意
- RMarkdownで記述しながら、Chunkを実行していく際に、スクリプトやコンソールで設定している作業ディレクトリーとは別に、Knit Directory で設定するディレクトリーが別にあるので注意。
- Document Directory
- Project Directory
- Current Working Directory
- スクリプト内で setwd()で作業ディレクトリーを変更しても、チャンク内の一連の処理が終わったら、また、元のディレクトリーに戻ってしまう。
- Knit Directoryが変更されない限り、ドキュメント内での作業ディレクトリーは、チャンク内のsetwd()でセットしたディレクトリーではなくKnit Directoryで設定されているディレクトリーのままになっている。Knitのメニューから手動で変更する必要がある。
References
https://epirhandbook.com/jp/rmarkdown.html
- https://mom-neuroscience.com/r-rmarkdown/
- https://blog.atusy.net/2021/01/21/rmd-bs4/
- スタイルの変更
- 宋財泫 (Jaehyun Song)・矢内勇生 (Yuki Yanai)「私たちのR: ベストプラクティスの探究」https://www.jaysong.net/RBook/
- R Markdown: The Definitive Guide
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
https://kazutan.github.io/kazutanR/Rmd_intro.html#r_markdown%E3%81%AE%E6%9B%B8%E3%81%8D%E6%96%B9
https://www.docswell.com/s/3818391906/521P6K-2022-04-16-132212#p1
https://sugiura-ken.org/wiki/